Организационные формы современного протестантизма очень разнообразны - от церкви как государственного учреждения (в Швеции, например) и до почти полного отсутствия какой бы то ни было объединяющей организации (например, у квакеров) ; от больших конфессиональных (например, Всемирный союз баптистов) и даже межконфессиональных объединений (экуменическое движение) до мелких изолированных сект.