Протестантизм в России получил начало почти одновременно с Западной Европой. Уже в начале 16-го века в России было много приглашенных западных ремесленников, художников, торговцев, аптекарей, хирургов, типографщиков и других специалистов. Лютеране получили даже некоторое преимущество в сравнении с католиками. Они имели право свободно проводить Богослужения в разных города, в том числе и в Москве. Протестанты пытались и царя обратить в свою веру. Устраивались особые собеседования и обширная переписка. Историки говорят, что царю нравились проповеди пасторов. Он видел учение Лютера, как близкое истине, любил пасторов за их ученость и образованность.

Русские летописцы отмечают, что лютеране чуть не склонили царя к принятию Аугсбургского вероисповедания. Спустя некоторое время православные богословы разъяснили царю отличия лютеранского учения, и отношение к лютеранам ухудшилось. Однако, взятые в плен во время ливонской войны (1558-82) немцы и шотландцы целыми тысячами были заселены в разные города с правом свободного исповедания веры. Были большие лютеранские общины и кирхи в разных городах уже в 16-м веке.

В некотором смысле при Иване Грозном протестантам в России жилось даже лучше чем в самой Германии, Великобритании, Франции и Швеции, где они должны были вести страшную борьбу за существование. При царе Федоре Ивановиче было много протестантов и в его многотысячном иностранном отряде, в русской армии.

Царствование Бориса Годунова было самым благоприятным временем для протестантов. Была построена на царские средства кирха в Москве и приглашены проповедники из Германии. В разное время при русских правителях отношение к лютеранам менялось - были и гонения, когда за обращение от православия грозила смертная казнь; были времена, когда правительство поддерживало и помогало лютеранам - в свободе вероисповедания и даже в строительстве церквей.