Проповедник, один из основателей и руководителей анабаптизма. В религиозной форме проповедовал идеи свержения существующего строя, передачи власти народу и установления утопически справедливого общества.

В 1520 г. совместно с Николаем Шторхом и Марком Штюбнером организовал в г.Цвиккау секту анабаптистов. Вскоре после этого Мюнцер был изгнан из города за пропаганду своих взглядов. Принимал активное участие в Крестьянской войне в Германии 1524-1525 гг. Пытался создать в Тюрингии и Саксонии единый центр восстания.

15 мая 1525 г. отряд Мюнцера был разгромлен близ г. Франкенхаузен, Мюнцер схвачен и казнен.